1.1.1 • Published 1 year ago

molstar-viewer-vue v1.1.1

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License
MIT
Repository
github
Last release
1 year ago

molstar-viewer-vue

molstar-viewer-vueMolstar Viewer封装为Vue组件,以便于在Vue项目中呈现molstar

采用的技术架构

  • molstarv4.0.1

  • Vuev3.4.15

运行项目

安装依赖

yarn

本地开发

yarn dev

编译打包

yarn build

MolstarViewer组件介绍

Props

Props中的绝大部分属性同样支持在query中进行传参。而且,query的优先级高于Props

渲染数据相关

Prop类型默认值描述
fileDataString,Array-可视化文件数据。需搭配fileFormatfileDataLabel一起使用。
fileFormatString-可视化文件的文件类型。需搭配fileDatafileDataLabel一起使用。
fileDataLabelString''可视化文件的标签。用于充当State Tree的根节点名称。需搭配fileFormatfileFormat一起使用。
snapshotIdString-Snap Shot可视化ID
snapshotUrlString-Snap Shot可视化文件地址
snapshotUrlTypeStringmoljSnap Shot可视化文件类型。可选择为:jsonmoljzipmolx
structureUrlString,Array-Structure可视化文件地址。支持同时渲染多个文件。
structureUrlFormatString-Structure可视化文件类型。
structureUrlIsBinaryBooleanfalseStructure可视化文件是否是二进制
mvsUrlString-mvs可视化文件地址
mvsFormatStringmvsjmvs可视化文件类型。可选择为:mvsjmvsx
mvsDataString-mvs数据源
pdbString-pdb 的 ID。支持同时渲染多个,用,分隔。如:1rlw,1tqn
pdbDevString-pdbDev 的 ID。支持同时渲染多个,用,分隔。
emdbString-EMDB 的 ID。支持同时渲染多个,用,分隔。
afdbString-AlphaFold DB 的 ID。支持同时渲染多个,用,分隔。
modelArchiveString-ModelArchive ID。支持同时渲染多个,用,分隔。

molstar viewer 配置项

Prop类型默认值描述
debugModeBooleanfalse配置项。开启debug模式。
timingModeBooleanfalse配置项。开启timing模式。
disabledExtensionsArray[]配置项。禁用指定molstar扩展项。
hideControlsBooleanfalse配置项。隐藏四周控制栏。
collapseLeftPanelBooleanfalse配置项。收起左侧控制栏。
pdbProviderStringpdbe配置项。pdb数据源。默认pdbe(Protein Data Bank in Europe)。
emdbProviderStringpdbe配置项。emdb数据源。默认pdbe(Protein Data Bank in Europe)。
mapProviderStringpdbe配置项。map数据源。默认pdbe(Protein Data Bank in Europe)。
pixelScaleNumber1配置项。像素比例。值越大清晰的越高,消耗的性能越大。采用默认值即可。
pickScaleNumber0.25配置项。
pickPaddingNumber1配置项。
transparencyString-配置项。透明模式。可选值:blendedwboitdpoit
preferWebgl1Boolean-配置项。是否启用WebGL 1。默认根据设备自动开启关闭。
allowMajorPerformanceCaveatBooleanfalse配置项。是否允许在WebGL的上下文中接受某些可能会显著降低性能的配置或行为。
powerPreferenceString'high-performance'配置项。WebGL性能模式。可选择:defaulthigh-performancelow-power

Methods

Method参数描述
getExtension--获取MolstarViewer扩展项
getViewer--获取MolstarViewer实例

支持的文件类型

Structure

  • MMCIF and CIFCORE (mmCIF and coreCIF schemas): cif, bcif, mmcif, mcif
  • GRO: gro
  • MOL: mol
  • MOL2: mol2
  • PDB/PDBQT: pdb, ent, pdbqt
  • SDF: sdf, sd
  • XYZ: xyz

Topology

Need to be loaded together with Coordinates.

  • PRMTOP: prmtop, parm7
  • PSF: psf
  • TOP: top

Coordinates

Need to be loaded together with a Structure or Topology.

  • DCD: dcd
  • NCTRAJ: nc, nctraj
  • TRR: trr
  • XTC: xtc

Volume

  • CCP4/MRC/MAP: ccp4, mrc, map
  • CUBE (may include a Structure): cub, cube
  • DSN6/BRIX: dsn6, brix
  • DX and DXBIN: dx, dxbin
  • DSCIF (DensityServer CIF schema): cif, bcif

关于PLY文件:由于Molstar Viewer暂未支持通过传参的形式渲染PLY文件。故而本组件也不支持。

使用说明

首先安装molstar-vue插件:

yarn add molstar-viewer-vue

然后在项目中引入MolstarViewer组件

import MolStarViewer from 'molstar-viewer-vue'

Author

LICENSE

MIT

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