t2pbs v0.2.1

TSUBAME 2.5 に MPI ジョブを投入するための小便利スクリプト

• ジョブの内容は単純な JavaScript で記述できます．
• mpirun のパラメタは PBS の設定より自動的に生成します．
• 各種ログを生成します．

Requirements

Node.js と NPM

インストール方法

npm -g install t2pbs

使い方

以下のジョブ記述ファイルを作成し，chmod +a したら，これを実行するだけ．

#!/usr/bin/env node

require('t2pbs').run({
    Command: '/work0/t2g-graphcrest/users/wakita/x10/template/bin/hello',
    PBS: {
      Select: { Chunks: 4, ncpus: 2, mem: '2gb' }
    }
});

Command にMPIコマンドを指定し，PBS.Selectの内容で計算資源を確保する．Selectの内容については，TSUBAME 2.5 利用の手引きを参照のこと．

実行例

前述のジョブ記述ファイルの場合，Hello-20140203-1814のような形式のジョブIDが割り当てられる．これは，コマンドに日時を追加した形式となっている．

T2PBSシステムはこの記述にしたがいt2subコマンドとmpirunコマンドを実行し，並列ジョブを投入する．

例

• Hello-20140204-1201.conf ジョブの実行形態，t2subやmpirunの引数，環境変数などを JSON 形式で保存したもの．
• Hello-20140204-1201.err: ジョブの標準エラー出力の内容
• Hello-20140204-1201.out: ジョブの標準出力の内容

実行ログの出力

ジョブ記述に log フィールドを追加することで，t2sub コマンド，mpirun コマンドの引数や，MPI コマンド実行時の環境変数の状況を出力できます．

#!/usr/bin/env node

require('t2pbs').run({
    Command: '/work0/t2g-graphcrest/users/wakita/x10/template/bin/hello',
    PBS: {
      Select: { Chunks: 4, ncpus: 2, mem: '2gb' }
    },
    log: { argv: true, env: true }
});